Cuando las vacas se enferman, muchas fincas las tratarán con antibióticos. Una infección común en vacas lecheras es la mastitis la cual es una infección de la ubre. Las vacas con mastitis son a menudo tratadas con antibióticos para ayudarlas a superar la infección.

En cualquier situación en que las vacas estén en tratamiento con antibióticos, la leche proveniente de ellas no puede colectarse en el tanque general. Esto se debe a que existen regulaciones firmes con respecto a los residuos de drogas en la leche.